Selon la tradition, le Reiki a ses origines au Tibet.
La méthode fut perdue au fil des ans mais restait préservée dans les textes sacrés Sancrit.
Vers la fin du 19 ième siècle, le Reiki a été redécouvert et adapté par un japonais, Mikao Usui (1865-1926).
Dans sa jeunesse il avait étudié le Kiko, forme japonaise du Qi Gong et connaissait le pouvoir de soigner du Ki.
Au cours de son existence, Mikao Usui approfondit sa connaissance du shintoîsme et se rendit dans les monastères pour élargir sa connaissance des enseignements bouddhiques.
Il étudia les sûtra (sûtra ou soutra qui signifient ''classique", "livre") en japonais, chinois et Sancrit.
Bien qu'arrivé à un très haut niveau spirituel, il sentit qu'il lui manquait quelque chose et il partit faire des méditations bouddhistes, appelées ''méditations de la repentance du lotus''.
Cette méditation dura 21 jours et il choisit de se rendre sur le mont Kuruma qui est un lieu connu pour ses qualités énergétiques.
Le dernier jour il eut un satori (ou illumination) et il sentit qu'une nouvelle énergie passait par ses mains. Il quitta alors la montagne.
Au cours de la descente, il se blessa à un orteil et instinctivement posa ses mains qui devinrent alors chaudes et l'orteil guérit.
Au pied du mont, il prit un copieux repas après 21 jours de jeûne, mais n'eut aucune indisposition.
A son retour au monastère, il guérit son supérieur d'une crise d'arthrite.
Il appella cette énergie Reiki, qui signifie Energie vitale universelle.
D'abord, il s'en alla soigner les plus démunis dans les quartiers de Kyoto.
Mais constatant que certaines personnes qu'il avait guéri préféraient retourner mendier plutôt que de s'insérer dans la vie, Mikao Usui comprit que l'aide fournie était anéantie en l'absence de toute volonté du patient et que celui-ci devait s'impliquer dans le processus de guérison.
Il réalisa qu'il avait omis de leurs enseigner la responsabilité et surtout la reconnaissance.
Il se rendit compte que la guérison de l'esprit était aussi importante que celle du corps.
Il comprit l'importance de l'échange, il fallait que les gens donnent quelque chose en retour de ce qu'ils avaient reçu, sinon la vie était dénuée de valeur.
Il quitta alors les quartiers pauvres et se consacra aux personnes qu'il estimait prêtes à le suivre sur le chemin de la guérison.
Il alla s'installer à Tokyo et fonda un centre de guérison qu'il appela ''Usui Reiki Rhoho Gakkaî" (Organisation Usui de la méthode de guérison par le Reiki).
Le Docteur Mikao Usui fut décoré par l'empereur du Japon pour son travail de guérison et d'enseignement.
Il décéda le 09 mars 1926.
Il avait inculqué à plus de 2000 étudiants sa méthode et formé 16 enseignants.